孤岛危机3 游戏流程攻略

1、基本操作：
WSAD----上下左右 鼠标左键----开火 鼠标右键----瞄准 鼠标中键----纳米服功能菜单 　C----蹲下 　空格----跳跃 　E----隐身模式 　Q----防御模式 　B----望远镜 　F----动作 　N----热视仪 　　shift----奔跑 　　G----手雷 　　H----纳米服升级 　　X----枪升级 　　V----肉搏 　　1----主武器 　　2----更换开火方式 　　3----火箭筒 　　shift+C----滑铲 　长按空格----长跳.翻墙 　V-----暗杀.长按可以重攻击.把车踢翻 　F----抓取物体.掐死敌人
2、主要攻略：
第一章：人类灭绝之后
游戏刚开始玩家们就可以看到被“冷冻”的先知以及他的自述，算是对前作的交代。而后就是赛可带领一小群士兵突击sell公司并救出了先知。
先知从赛可的口中得知cell公司剥离了除了先知之外所有纳米战士的纳米服，换句话说，先知是仅存的纳米战士了。
先拿着赛可的枪跟着他到达任务点，用赛可的话说就是要用别人想不到的方法进入cell建筑，那就是从大门硬闯。
装上消音器杀掉第一个敌人后就可以深入了，先用面甲扫描所有敌人位置，然后按e进入隐身状态。
专心看小地图和能量条，靠隐身和消音器手枪，干e68a84e799bee5baa6e79fa5e9819331333337613737掉所有人后，等到达目标点按f后为赛可开门。
进入下段战斗前，赛可会有一把弓，看着这把弓玩家们完全可以称雄前中期，要不是弹药有限后期也可以称雄，下面一样的扫描加隐身，有了弓后就好多了，因为弓威力大、射程远而且弹药可回收，配合隐身使用很凶残。
干掉所有敌人后跟着赛可出建筑，先干掉对面房间里的敌人再按b站在可以清楚看到机关的地方，解锁机关，只要等黄点在小框里的时候按下f就好了。
第一章：人类灭绝之后（2）
进入目标建筑后有一些补给，然后就是赛可看到了cell公司剥离纳米的影片，战士一旦穿上纳米服，纳米服就会像皮肤一样附着着玩家，而cell剥离纳米服时很多战士都是有意识的，很多人也因此而死。
剩下的流程可以去主流游戏网站搜寻攻略。

游民星空有攻略视频的，游民速攻组

建议去下个孤岛惊魂3的汉化补丁

孤岛危机3火星高百升那关，火星高升最后，进入主控制室要经过一个吊桥，但是吊桥放不下来，剧情是这样子的：

1. 来到基地内，消灭若干雇佣兵，黑入发电机前的机枪，使用度C4摧毁设备。

2. 打开开关，放下通道进入中心控制室与Claire等人汇合。

3. 仔细观察中央平台有个吊桥，吊桥对准的方向有个开关，启动开关吊桥就放下来了。最后就可以去主控制室了

《孤岛危机3》：是由德国游戏开发商Crytek研发的一款第一人称射击类游戏，知于2013年2月19日开始在欧美地区发售。是孤岛危机三部曲的第三部，也是最后一部。

【背景道剧情】：

• 孤岛危机3》故事发生在上作《孤岛危机2》之后，纽约已经包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流。

• 纽约树立起了巨大的保护屏障来保护城市，政府宣传的目的是为了保护人类不受外星人的影响和袭击，实际上这个保护屏障的背后是CELL企图用武器和科技征服世专界的野心。

• 因此二代中继承了先知名字和意志的主人公——本名阿兹卡特的陆战队成员跟随前暴属龙小队成员，在《孤岛危机：弹头》中担任主角的Psycho一起在该作中挑起抵抗CELL的重任。

孤岛危机每一部的剧情都很短，想理解剧情也不是很困难。说关系就等于说剧情，至于孤岛危机1（Crysis1下面简称C1）和孤岛危机弹头（Crysis Warhead下面简称CW）和孤岛危机2（Crysis2下面简称C2）该按什么顺序玩，我推荐就按它发布的时间玩：C1（2007）—CW（2008）—C2（2010。C1剧情：你扮演的是美国什么特勤队的暴龙小队的一员，你叫诺曼。这个特勤队的是由美国高层组织的一个特勤队，里面每个人都穿有一副纳米生化装，也就是Nano Suit（简称NS）。NS的具体功能我就不提了。既然是一个特勤大队，就会有一些小分队，暴龙小队就是其中之一，还有一个已知的小队叫老鹰小队（PS：为什么都是动物）。游戏一开始你在一架飞机上，这是一个黑人大叔把你叫醒了，他是杰斯特，也是暴龙小队的一员，飞机上算上你有5个队员，一个叫赛可（重要人物，记住他），一个叫普非（也很重要，记住他），还有一个叫什么我也忘了（这个人你可以无视，他马上就要挂了）。好了，普非，也就是暴龙队的队长强调了一下这次的任务，是灵山岛上发出了求救信号，是一些美国科学家被棒子（棒子是什么你我都懂）俘虏了，要去救他们出来，看似很简单。省略中间的一些无聊对话，好，当我们跳伞快要开伞时，好像撞到了什么东西，你可以听到一些声音，从后天的剧情可以判断出这是那些天上飞来飞去的大章鱼的声音。最后，小队里5个人，0个人成功到达降落地点。这是诺曼距离杰斯特比较近，就先找杰斯特汇合。途中，暴龙小队那位我唯一没提名字的人挂在了树上，离诺曼和杰斯特比较近，普非就通过对讲指挥诺曼和杰斯特去大那位仁兄弄下来，在赶往目标地点时，那位仁兄果然出事了，还在叫圣母玛利亚，我们可以从对讲里听出又是飞天八爪搞得鬼，当然仁兄也挂了，被撕成两半，普非队长也为了防止NS的技术泄露，就把仁兄和NS一起烧了，唉，可悲。接着诺曼完成了一些任务，在这些过程中，杰斯特也因为飞天八爪而死，尸体也是焚烧方式处理，还有就是得知这个区域的棒子是有一个光头哥管理的，这哥们在一个挖掘区。当诺曼得到情报，在村庄里有被俘人质，普非安排诺曼潜入村庄与赛可汇合并解救人质。当诺曼来到一扇门前，赛可便从隐形状态下现身（大家注意，赛可现身时没带面甲，还有当你隐形时在光的照射下有影子，我真的很想知道它的隐形是什么原理）。人质解救成功，呵呵，人质还是个MM，这时队长普非那里穿了消息说：有两辆坦克正向村庄接近。赛可开始猥琐了，他泡妞，你解决Tank……最后来到了一处溶洞，我们遇到了队长普非，对我们说：快点，诺曼，我们必须穿过这个山洞才能到达挖掘区。看来我们还要去找光头哥啊……刚出山洞，队长就被飞天八爪搞去了，没办法了，接下来我们又孤军奋战了……来到了挖掘区的圆形建筑内，发现了一个老头正对着屏幕说话，屏幕那头是光头和这个老头的女儿：海伦纳。诺曼望了望正在被挖掘的东西，是一块雕像……（省略）雕像放出了急冻光线，然后屋子里就成了冰雪世界，人都成冰了，一碰就碎，诺曼因为有NS的保护，没挂，但NS暂时失去了功能诺曼也晕倒了。醒来时已经从阳光明媚的下午到了晚上……省略。当诺曼来到撤离点时，出现了4个NS棒子，但因技术不成熟，还要穿防弹衣。解决后上了一架VOLT，在上面遇到了赛可和一群美国大兵，接着两人谈起了普非的问题……当飞机降落到了一个海湾旁，已经是炮火连天，诺曼为了能让空军无风险的去轰炸港口，必须去解决防空炮……接着诺曼有指挥战斗机炸掉了一艘船……再接着诺曼开开坦克杀到了一个火车站旁，这时，一个巨大的神殿拔地而起……不用说了，我们肯定要进到神殿里去……就在神殿大门口诺曼被俩NS棒子五花加大绑抬到了光头面前，光头说他们要用这神殿的力量来制造武器，并转身面向神殿张开双手装逼，结果他二了……神殿释放的巨大能量将你身旁俩NS棒子打死了，结果就是，诺曼把**的光头干了，这时海伦纳出现了（大小姐！你是怎么活下来的？刚刚你也在旁边！）。坐电梯回地面时，电梯坏了。结果是，海伦纳被救走了，而你要进到神殿里找到其它出口（为什么诺曼总是悲剧？）……终于走了出来，刚要出来结果又发生意外。当诺曼缓过神来，发现小岛的大部分地区已经是万里雪飘了。喝……走了一段路碰到队长普非了，好机油共度难关。但诺曼永远是悲剧的这是个不变的定律，普非和海伦纳又先坐着VOLT先走了，你要去面对大八爪（只有四个爪），最终诺曼还是跑了，记住诺曼是悲剧的使者，上了一架VOLT，途中飞行员死了……诺曼只好担当飞行员的重任……还好，有惊有险的回到了航母上，在军械库给NS读数据时，队长违抗命令杀回小岛去了。但悲剧，美国向岛上的圆球大气发射了一颗核弹，结果八爪更牛了，直接杀到航母上来了……最后诺曼炸了八爪的母舰和自家航母，坐着赛可驾驶的VOLT，海伦纳也坐在旁边，这时，赛可欢呼到：传来了普非的信号，这说明普非还活着。诺曼只是装逼性质的丢下一句：We should go back（我们得回去）。接着，飞机飞向了小岛……C1剧情终 CW剧情：CW与C1是有关系的，CW的主角是赛可，CW与C1的时间是平行的，这一个线索可以从游戏中当赛可从一个货船走出来时，对讲里发出了普非的声音，普非在说：好冷……这一部里还有一个比较重要的人物是欧尼欧，看剧情他以前应该也是暴龙小队的一员，然后可能是因为任务完成不佳而被除役去当飞行员，任务完成不佳好像也与赛可有关，可是，这两人还是好机油。
CW的整个剧情与C1的剧情是在平行时间内诺曼和赛可在平行时间内所做的不同的事。而认真的人可能回发现C1里的赛可与CW里的赛可出现的时间地点对不上号。注意，CW里的赛可开始行动时是美韩已经开架，而诺曼也是做有一艘volt才到达战场的，那架volt上有赛可，而赛可最后一次在战场上出现是在准备开坦克近隧道的时候，也就是在那个时后赛可才开始了CW里的任务，细心的玩家也可以注意到CW里的剧情从第一关到第二关中间有一段时间空白，这就是给C1里的一些赛可出现的不可能时间做出了解释。回到剧情：当赛可从那架volt走出来时抱的那个大兵就是后天那个从桥上掉下去的大兵……还有就是我发现了个BUG，就是在你从volt出来走到一个高石山的面前，提示你换到力量模式跳上去，在这之前，你看到俩棒子被炸飞了他们手中的枪飞到了高石山上，如果你早跳上去，就可以捡到FY71一把和60发FY71的子弹，如果晚了，枪会莫名其妙的消失……当赛可来到一个巨大坑前，便被EMP打晕了，醒来时看到了一架棒子武直装着一个大箱子走了
赛可来到一条公路上，又见到了那架装着箱子的武直，总指挥命令赛可跟上那架武直，最后赛可来到了一个度假村旁，总指挥像赛可说明了这个度假村周围的棒子的兵力，多少辆吉普，多少轻坦克，多少棒子……而且总指挥也很爽快，命令赛可摆平度假村里的所有棒子，可怜的赛可（比诺曼好一点）……结果当然是赛可成功了啦……进入CW里的时间空白，赛可在这段时间里干了什么大家自己去想象吧……动画一开始就是两架棒子战机追着一架由欧尼欧驾驶的美国战机在空中交火的动画，最终欧尼欧寡不敌众被击落了，在千钧一发之际跳伞逃生了。很明显为什么要播这段动画，接下来赛可肯定要去救自己的好机油啦，顺便拿回飞机上的照相机（我到现在还是不知道拿照相机有什么用）……经过一小段战斗，我们拿回了照相机，也成功的在小山坡上见到了好机油欧尼欧……赛可和欧尼欧一起在悬崖上观察棒子港口的情况，赛可发现了那架装这箱子的武直，总指挥要求赛可继续完成任务，将那个“弹头”（总指挥以为那是核弹头）搞到手，就发生了下面的一幕，赛可将那的随地大小便的棒子打倒后，欧尼欧准备杀了他，但赛可阻止了欧尼欧，还酷酷的丢了一句：他没有武器。便从那棒子身上摸出一把车钥匙，一巴掌将其打昏，就开车向港口前进了……途中，赛可与欧尼欧谈论暴龙小队的事，赛可说：仁兄和杰斯特都KIA（战斗中死亡），普非则MIA（战斗中失踪），欧尼欧问：还有一位呢？这里应该是指诺曼，赛可说：诺曼正在岛的另一头。还说了一句：我有过更烂的队友（这里更烂的队友是指欧尼欧，也说明了欧尼欧和赛可都是暴龙小队的）。欧尼欧反应很激烈：算了吧你。接着，赛可和欧尼欧遇到一架友军volt迫降到了一片空地上，棒子的武直还在对其扫射，总指挥便要赛可先帮助那架volt抵御棒子的攻击直到救援到达……当救援达到欧尼欧也被救走了，赛可又一个人在战斗。来到港口，天空有一架友军volt的火力支援，赛可比较容易的（那架volt我个人认为是打酱油的）杀了进去，得到情报弹头在港口的潜艇了，总指挥便要赛可潜入潜艇……省略……当赛可进到潜艇里时，发现那个箱子里根本不是什么核弹头，那里面不知道是什么东西（据C1剧情，当诺曼驾驶volt回到航母上时，便看到了一没有死透的飞天八爪，估计就是箱子里的东西，而且海伦纳也向诺曼介绍这是由一个飞行员带回来的，是赛可的小战利品）。接着，赛可便被这个箱子里打出来的EMP打晕了……醒来时，一张丑恶的棒子脸出现在赛可眼前……然后李将军便拷打赛可……再然后……便是神殿的急冻光线……赛可又晕了……
再次醒来时便是万里雪飘，跳出潜艇，看到李将军驾驶着一个气垫船拖着弹头跑了，旁边还有几个NS棒子……把NS棒子全撩倒后，赛可也开着气垫船追李将军，地面不时有飞天八爪钻出来，而和C1不同的是，飞天八爪打出来的东西不再是冰针，而是激光束。途中遇到一群NS棒子在打一只大八爪，赛可无视掉下船步行前进，这时任务改变了，不在是追李将军，变成了与老鹰队汇合。老鹰队就是我前面提到的什么特勤大队的小分队之一……当赛可一路解决了一些小八爪来到一处小坡前，坡上的车被一脚踢了下来，是一个穿着NS的人，双方都吓一跳，再仔细一看，是自己人，终于与老鹰队汇合了，不用再孤军奋战了。任务更新，与老鹰队一起到达隧道……省略……到达隧道了，当然不会那么容易，眼看隧道就在眼前……一个大八爪出现了，兄弟齐心，合力抗敌……将其干掉后便进入隧道来到了另一头。前脚刚一踏出去，一颗狙击子弹就打了过来，望外一看，对面的军舰上有俩NS棒子，最终结果都是挂，到这里赛可又要孤军奋战了……进入那艘军舰，解决了一堆NS棒子，从军舰另一头出来，对讲里便发出了队长普非的求救声……一路冲杀来到了一个矿洞的门口与老鹰队汇合，老鹰队的队长要老鹰队的小蛋糕布置炸弹把坍塌的矿洞洞口炸开，当然，一大堆的八爪在往这里冲，赛可要与老鹰队的其它队员抵御八爪的侵袭……洞口炸开了，老鹰队队长要赛可先进去，后来又不知道怎么失散了（悲剧）。赛可在矿洞里转了好半天终于来到了矿洞的主矿道，但不幸的是，这里到处都是棒子，一个废弃的矿洞怎么会有这么多棒子呢？经过进一步的摸索，赛可发现弹头在一辆矿洞火车站的火车上，真是无巧不成书……总指挥命令赛可控制这辆火车，并搞清楚这辆火车开往什么地方……省略……赛可这么嚣张的站在火车上招摇过市，很难不惹起沿途棒子的注意，但好事是，赛可已经脱离了急冻光线的作用范围……又是一路冲杀，突然，从赛可背后飞出来一架volt，对讲里来了一句：噢！赛可！是欧尼欧。欧尼欧说：赛可，你真是一个大麻烦（一针见血）……途中，在车站重启火车欧尼欧做了一下非酱油的火力支援和一些视野外，在最重要的时候，他来句：赛可，我没油了，我先走了……之后，弹头好像出来问题，赛可的NS也出现了一些小问题，但很快又回复了，接着……一大群小八爪和俩飞天八爪蜂拥而至……当然赛可轻轻松松全部解决了……赛可和欧尼欧约好的交接弹头的地点是座桥，但当赛可来到桥上时，欧尼欧还没有到，赛可下了火车，发现有俩C4（我说过了，无巧不成书）。紧接着，便是过场动画——一架棒子武直飞了上来，只看到俩NS棒子和穿着NS的李将军绑着一个美国大兵（这就是CW开头赛可救的那一个）
两人交易赛可把弹e5a48de588b6e799bee5baa6e79fa5e9819331333361306363头给李将军，李将军把大兵放了，但赛可并不怎么合作，李将军便把大兵从武直上推了下去，赛可腾空一跃接住了大兵，C4的引爆器也掉到了桥檐上，赛可一只手抓住大兵，一只手扒住桥檐，C4的引爆器就在手边赛可想把C4引爆。李将军则排一个NS棒子下去拿引爆器，自己则先把弹头运走。眼看弹头就要运走了，大兵看了看下面湍急的河水，对赛可说，放开我吧，不然我们都活不了！赛可说：不，不行！NS棒子快拿到引爆器了，李将军也快跑了，大兵又说：放开我，快！赛可沉默了一下，说：你要活下去！便放了手，赛可冲上去，将那个NS棒子打入水中，拿起引爆器纵身一跃，在入水那一瞬间，引爆了C4，可惜没有炸到李将军……赛可从水中找到了那个大兵，那大兵已经死了，赛可又是压胸又是人工呼吸都没用，这次，他再也救不了他了，赛可将目光转向了背后刚才那个NS棒子，他也奄奄一息了，赛可燃起了仇恨的怒火，向那个倒霉的NS棒子走去……最后的任务，赛可接到总指挥的情报说那个弹头就在附近的一个美军机场，不过现在已经被棒子占领一头被激怒的狮子是可怕的，赛可杀进机场，找到了弹头，这时，总指挥要赛可到机场的控制塔起通报一架volt来运送弹头……当赛可通报完毕后，天突然变黑一大群飞天八爪从球形大气里飞了出来，总指挥对赛可说：对不起，没有多余的volt了（悲剧）。但总指挥依然强调说，我们要搞到弹头……这时，我们好像忘了什么人……我可以搞定！……欧尼欧的声音冒了出来，就这样运输弹头和带赛可回去的飞行器有了……当赛可赶到弹头的位置是一只彩色大八爪爬了出来……当然要先干掉它啦，但赛可手上的枪只是对它挠痒痒，这时欧尼欧告诉赛可跑道上坠毁的一架飞机上有一把正在测试的武器：浓缩电浆枪……打大八爪很有效……最后，在赛可和欧尼欧这对好机油的齐心下，大八爪挂了……又是过场动画：欧尼欧把volt降落在了地上，下机看看弹头，赛可也在旁边，欧尼欧说：就是这个？赛可点点头……这时赛可发现了一点不对尽，便隐形了……剩下欧尼欧一个人在那里观赏弹头“很好”李将军的声音出现了，欧尼欧一转身发现李将军和俩NS棒子（为啥总是俩）从隐形中现身（李将军也可以不带面甲隐身）。李将军叫那俩NS棒子先去开volt把弹头运走，就在转身之际，欧尼欧拔枪，但李将军还是快一步，向欧尼欧开了两枪，但欧尼欧毫发未损，这时，赛可从隐形中现身，原来赛可抓住了李将军的手使其打偏，赛可又将李将军打到在地，赛可对欧尼欧说：你先去开飞机，那两个NS棒子我已经解决了！就在这时李将军从后头冷不丁的给了赛可一电棒，将赛可打翻在地，然后开启力量模式跳上了正在起飞的volt，而欧尼欧毫不知情，李将军正一步一步向驾驶舱走去……赛可怎么会让李将军得逞呢！赛可也跳上了飞机与李将军在机上搏斗……最终，赛可抢到了李将军手上的电棒，猛电了几下李将军，然后把他推下来飞机把他的电棒也丢了下去，还丢了一句：我是英国人（之前李将军的属下骂赛可是美国佬）。最后volt飞离了小岛，赛可也享受的坐在volt上说：都结束了…… CW剧情终。
我个人认为赛可坐的volt应该是回航母上去了，然后和诺曼见面……接C1的剧情 C2，堪称最好的画面，这绝后不敢说，空前是肯定的，主角有变了，变成了阿卡特兹（简称A哥，不是虐杀原形里的A哥！），一名普通的海军陆战队员。C2可以说跟C1和CW没有太大关系，但关系还是有的，之间的关系就是普非，暴龙小队队长，自从从航母回到灵山岛上后就再无消息，又在神殿内经过高速光路（诺曼在神殿内坐过）来到纽约的曼哈顿岛的附近水域并游上陆地。C2的主要人物除了A哥和普非外，有一个叫古德（简称谷歌）的科学家，同样是科学家同时也是CRYNET的老大的哈格瑞夫（简称哈爷），CIA的Karry（简称K姐），A哥战友奇诺，巴格里夫（巴老）将军与CELL的老大马库斯（马哥）。剧情：游戏一开始是一段真人加动画的故事前序，主要内容是纽约曼哈顿岛上发生了多例中毒事件，这种病毒经研究证实这种病毒根本不可能存在（其实这种病毒是N亿年前章鱼带来的）。政府认为是哈格瑞夫公司生产的生化武器所导致的，但哈格瑞夫公司并不承认此事，下面就是谷歌（其实谷歌也是为哈格瑞夫工作的）为哈格瑞夫公司所做的辩词……（都是专业术语，听不懂）。镜头转向一艘潜艇，又慢慢的转向我们主角A哥的第一人称，A哥还在睡梦中，这时被身边的战友奇哥叫醒，旁边还围了一群怪叔叔在互相开玩笑，做在我们对面的黑人叔叔对A哥说：阿卡特兹从今天早上就不说话了……搞了半天，才知道我们是要去找谷歌，并把他带回来。啊，任务准备开始，正准备走出仓门，一声巨响，潜艇开始到处漏水，警报一只响着……一路的快跑，终于逃出了潜艇，但是奇诺不见了，黑人叔叔还在喊着奇诺的名字，但这时，从水底飞出一艘不明飞行物袭击了A哥的小分队，A哥被打得奄奄一息，沉入了水底，心脏也停止了跳动……心脏的跳动重新开始跳动了。几声重机枪的开火声打破了宁静，主角再次睁开了双眼看见了一个身着NS2（Nano Suit2）的家伙拿着重机枪对着天空扫射，一艘冒着火的飞船撞向了远处的大楼。那家伙扔下枪，向主角走来说了几句话：阿卡特兹，那是你的名字吗？好的，孩子，命运有时候很捉弄人是不是？接着……进入一段CG，这段CG是介绍NS2的功能的CG，而且你要把这个CG记住，后面有些好玩的。可能是第二天吧，当主角醒来，发现自己穿上了NS2，又发现了普非的尸体，捡起了地上的一把手枪，然后进入了一段普非的记忆：主要是说明当前阿卡特兹的主要任务是去找到古德，还有一句经典台词：Welcome to the future son,welcome to the war.再说普非已经在灵山岛上中了八爪的孢子病毒，活不长了，而且为了断开与NS2的连接选择了自杀……A哥正在往建筑外跑，结果谷歌来电，说一些废话，但是好像谷歌还不知道穿着NS2的人是A哥，他依然以为穿着NS2的人是普非……经过一路的冲杀和听着古德将大道理前的阿卡特兹还是一时搞不明白什么情况，这时谷歌给了A哥一个地址是谷歌实验室的地址，谷歌要A哥快点到这来（接下来我就简洁的说一下剧情好了）。当A哥来到谷歌的实验室时，谷歌说CeLL的人来了，他只好偷偷的转移到附近的一个小楼里工作，但实验室里的一些数据没有删除，谷歌要A哥去帮他收尾。A哥搞定后终于见到了谷歌，谷歌要A哥坐的NSC（纳米生化装数据椅）。这时谷歌依然不知道穿着NS的人是A哥，当谷歌看了一些数据后感觉不对劲，才发现穿NS的人不是普非，抄起手枪准备嘣了A哥，还问了一句：是哈格瑞夫排你来的吗？可见谷歌已经脱离了哈氏公司。但当谷歌看到了普非留下的视频后才知道一切，别跟A哥将一大篇的科学知识……突然一颗子弹射进了屋子里打中了谷歌的腿，A哥就为就了掩护谷歌逃跑跟一个CeLL士兵掉到楼下，结果A哥大难不死（好像根本死不了）。然后谷歌跟A哥说要A哥去华尔街，那里有更高级的NSC。A哥又翻越层层高楼来到了华尔街，第七关：超越死亡……场景与开头CG里的一模一样……好的，终于来到了高级的NSC面前，坐上去，听那个像医生的说A哥受了很重的伤，没NS根本就是dead man walking，又出现了普非的记忆：是关于当时救A哥时的景象。再往下，就是马哥把A哥抓了，送上直升机准备送到哈爷哪儿去，但八爪的那些柱子拔地而起，又让A哥获救了……A哥的NS2真是功能齐全，还有电击法让心脏重新跳动的功能……A哥重新站了起来，但很快又被八爪的EMP打晕了……当A哥醒来时，哈爷的声音第一次出现在A哥耳畔。下面，就由哈爷全程为A哥将东西了……A哥得知，想杀死纽约所有的CHEP（八爪的学名），就要用纳米服来合成一种催化剂使八爪的孢子病毒转化为对E人无害对八爪有毁灭性伤害的孢子病毒。接着，A哥第一次进入八爪的柱子同化进度只有25%……接着A哥被洪水冲走，醒来时遇到奇诺，从此与巴格里夫的部队一起抵御八爪，和用地铁疏散纽约幸存市民。当A哥第二次进入八爪柱子的时候是巴老的部队坐volt撤离的时候，这次同化了75%，起来一定作用，杀死了除巨型八爪（非死既残）外的所有八爪……下一个任务是杀死马哥……马哥虽然不好对付，但在哈爷的指导下，A哥还是顺利干掉了马哥，在逃跑途中，不幸被突如其来的EMP打晕了……A哥醒来时，自己被绑在一张椅子上，原来这一切都是哈爷搞得鬼（八爪的事不是哈爷搞的）。哈爷想得到NS2（哈爷是NS的创造者），然后自己穿上NS2去对付八爪，并用NS2获得永生。但关键时刻总会有人出马，那就是K姐，CIA的特工。K姐成功的将A哥解救了出来，并把哈爷是什么情况告诉了A哥，说要A哥去哈爷的办公室去吧哈爷带出来。当A哥来到哈爷办公室里时才知道哈爷其实早就该死了，他用先进的技术将自己冰冻起来，想用NS2获得永生。但哈爷最终醒悟，将孢子同化的最后那25%基因给了A哥，随后自爆，与八爪同归于尽。A哥最终没有辜负大家的期望，成功的将孢子病毒同化为100%……当A哥重新从废墟里站起来，说了整个游戏中他的第一句台词：他们叫我……普非…… C2剧情完
2047年，是在孤岛危机2故事20年之后，纽约已经成为包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流，其中分成为七个不同的和变化莫测的环境，孤岛危机2当中的先知，就是孤岛危机3的主角。
通过开场动画我们得知了真正的异形主脑并没有死去，并且主角通过和异形的逆向连接看到了未来的画面(地球遭到异形大军的侵略)。赛可和反抗军的同伴救出了被封印的先知，并告诉他现在CELL公司通过控制能源已经控制了整个世界，猛虎队的基友们都遭到了CELL的迫害，主角是最后一个了，阻止CELL的重任就落在主角身上了。
故事依旧发生在纽约市(变化真大……)，CELL掌握了异形的能源并将整个纽约市罩在了纳米转到罩之下(想个监狱)纽约市由此变成了一个大蒸笼，气候的改变使得纽约变成了半热带雨林半残骸，主角就在这里和CELL展开了一场殊死较量，过程中会有几只异形打打酱油。虽然和CELL的斗争取得了进展但主角始终知道最大的敌人是异形主脑，但它在哪里还是一个谜。
在破坏CELL能源垄断的过程中主角发现了提供能源的正式异形主脑，CELL成了异形侵略地球的帮凶，纳米装甲的发明人，CELL公司的CEO早已被异形同化，并为异形侵略地球铺好了路，为了阻止异形首脑 ，主角解开了基因枷锁，通过和异形同化找到了藏身在地下的异形首脑，经过奋战主角最中射杀了首脑但却没有成功阻止异形大军降临地球，故事回到了开场动画最后的画面，主角面对侵略而来的异形大军感到无能为力，眼前耳边回放着过往的一幕幕。
最终主角选择最后一搏利用卫星兵器成功的击毁了异形的战舰(大章鱼)主角从太空向地球坠落，纳米装甲在同大气的摩擦中燃烧并开始适应性基因重组。
最后主角落在了一个岛上，醒来的主角发现自己的纳米装甲不见了，但它的皮肤却纳米化。通过镜子我们看到了主角是队长大哥。主角走出小屋，面朝大海做着自我检讨，然后将猛虎小队的狗牌都扔向了大海，然后主角换身并华丽的启动了隐匿模式(由于基因枷锁打开纳米装甲可以变化为任何东西)最后在主角说出：”记住我，我是先知。“的声音中宣布整个系列的结束。
三代完美的贯穿了整部作品，并在结局回到了灵山岛上，主角也从一个机器重新变回了人。